马耳他提供公费医疗且历史悠久，具有覆盖面广、层层递进的特点。由政府提供医疗保健服务的公立医疗系统，也有由私人投资设立的私立医疗保健系统。

马耳他拥有强大的全科家庭医生队伍为所有国民提供初级医疗保健服务，而公立医院则主要对由家庭医生转介的病人提供二级和三级的医疗护理。除此之外马耳他还拥有众多的医疗卫生志愿组织，如阿尔法医学会（高级护理），紧急消防及救援单位（EFRU），圣约翰救伤队及红十字会等，为马耳他居民提供急救及护理服务。

马耳他医疗系统与英国类似，实行免费公立医疗制度。居民每年缴纳200欧元左右的医疗保险，可在各大公立医院免费享受绝大多数医疗服务。其医疗卫生系统在世界卫生组织的医疗标准排名中位列全球第5位，排名较美国（37），澳大利亚（32），英国（18）和加拿大（30）更高。

著名医院：

MaterDei医院，马耳他最大的公立医院，于2007年开业，为欧洲最大的医疗建筑之一；

保罗博法医院，位于弗洛里亚纳的著名肿瘤医院；

圣文森特德保罗医院，欧洲著名长者护理医院。

据世界卫生组织统计，2012年马耳他全国医疗总支出占GDP的8.7%，按照购买力平价计算，人均医疗健康支出2444美元。2006-2013年间，平均每万人拥有医生35人、护理和助产人员71人、牙医5人、药师12人；2006-2012年间，平均每万人拥有床位48张。